Auch wenn es derzeit etwas früh erscheint, ist es sinnvoll sich schon vor dem Bau der Anlage mit den späteren Betriebsabläufen auseinander zu setzen, um nicht während des Bauens oder danach festzustellen, dass die geplante Anlage die in sie gesetzten Erwartungen nicht erfüllen kann.

Der Betrieb auf der Nordstrecke war recht beschaulich. Mitte der 1960er Jahre gab es nur 4 Zugpaare, die in der Regel nur von einer einzigen Lok, einer HF 110 C, gezogen wurden. In Fährhof half ggf. ein kleiner B-Kuppler beim Rangieren. Eine weitere Lok stand in Altenkirchen als Reserve im Lokschuppen. Es verkehrten Personenzüge mit Güterbeförderung (3 Stück) bzw. reine Personenzüge (5 Stück).

Für den Personenverkehr reichten die alten zweiachsigen Wagen, die auf der Nordstrecke bis zum Betriebsende ihr Gnadenbrot fanden, während auf der Südstrecke im Bäderverkehr moderne Vierachser eingesetzt wurden. Insgesamt 8 Personenwagen und ein Packwagen standen Mitte der 1960er Jahre zur Bewältigung des Personenverkehrs zwischen Fährhof und Altenkirchen zur Verfügung. In der Regel wurden 3-4 Personenwagen und der Packwagen in einem Zug eingesetzt. die restlichen Wagen standen in Fährhof als Reserve bzw. als Rangierhilfe, da die Loks die Fähre nicht direkt befahren durften. Die Personenwagen wurden dazu zwischen Güterwagen und Lok eingestellt.

Gab es unterwegs Probleme oder verspätete sich ein Zug dermaßen, konnte mit dem B-Kuppler und den in Fährhof stehenden Personenwagen ersatzweise auch ein zweiter Zug auf die Strecke geschickt werden.

Die Landwirtschaft prägte das Frachtaufkommen im Norden der Insel. In Altenkirchen wurden zur jeweiligen Erntezeit entsprechend Getreide, Kartoffeln, Kohl, Äpfel, Birnen, etc. abtransportiert, genauso wie regelmäßig Schlachtvieh und täglich Milch. Die Schlacke aus dem BW musste entsorgt werden. Im Gegenzug wurden Düngemittel, Futtermittel, Saatgut, etc. empfangen sowie saisonal unabhängig Baumaterialien wie Zement, Steine, Sand, Kies und Holz benötigt. Den größten Transportposten machten jedoch Kohle, Koks und Briketts aus. Kleinkram wurde als Stückgut transportiert.

Das Frachtaufkommen in Wiek ist ähnlich, wobei die Insel Hiddensee über den Hafen mit versorgt wurde.

Woldenitz hingegen wurde nur zur Erntezeit stark genutzt, ansonsten wurde hier nur täglich die Milch der angrenzenden Gutshöfe verladen. Die benötigten Waren wurden über die BHG abgewickelt. Gegebenenfalls wurde in Woldenitz auch Düngekalk entladen, um kurze Verarbeitungswege zu nutzen.

In Fährhof wurde nur Lokomotivkohle benötigt und die anfallende Schlacke abgefahren.

Durch die enormen Mengen an Kohle, Koks und Briketts – die nicht nur zum Heizen, sondern auch anderweitig genutzt wurden – und die Versorgung der Insel Hiddensee über den Wieker Hafen sowie Stückgut und Milch im Umlauf waren auch außerhalb der Erntezeiten recht lange Züge unterwegs.